Cкорее всего, операционная система отключает его через определенное время.
Например в Windows 7 необходимо зайти в «Панель управления» — «Электропитание» — «Настройка плана эксплуатации» — «Изменить дополнительные параметры питания» — «Жесткий диск» — «Отключить жесткий диск через» — выбрать значение в минутах — «Ок».
Чтобы жесткий диск был постоянно активированным, выберите «Никогда».